En el territorio que hoy ocupa el municipio de Mexicaltzingo existen parajes denominados Las Palmas y La Loma, antes Tecacaxtitla, en los que se encuentra cerámica perteneciente a la época teotihuacana. Hubo, también una estrecha relación entre Toluca y Tula.
Axayácatl, así como ordenó que se fundara Calixtlahuaca, hizo lo propio para que cierto número de familias mexicanas de los diferentes lugares del valle de México poblara el territorio de Toluca, fundándose así un gran número de asentamientos a los que los inmigrantes les dieron el nombre del lugar de donde procedían; surgieron así en los alrededores de Toluca, los de Huitzila, con gentes de Hutzilopochtli, Tlacopan, Atzcapotzaltonco, Capultitlán o Capulteopan; Chapultepec, Mexicaltzinco, Yancuitlapan, etc.
Mexicaltzinco fue fundado en el año Chiconahui ácatl (nueve caña), que corresponde a 1475 de nuestro calendario, con gente de un pueblo cercano a Ixtapalapa. Esta nueva localidad dispersa, de ascendencia azteca, se estableció en los terrenos que actualmente ocupa la cabecera del municipio de Mexicaltzingo.
En la conquista de una manera despiadada fue sometido Mexicaltzinco, al cual se le destruyó su teocalli, se dispersó a su población y se dejaron abandonadas las tierras. Algunos mexicaltzinguenses volvieron a reunirse alrededor de 1527 en el pueblo al que los españoles pusieron por nombre San Mateo y que los indígenas llamaron Xan Mateuhtzin Mexicaltzinco. En 1534, según el Códice Techialoyan, el pueblo San Mateo Mexicaltzingo estaba bajo la jurisdicción de San Antonio la Isla, los linderos que lo delimitaban fueron Tejocotitlán, Huitzaquipa y Huapalcalco, aunque también se puede considerar a Tecuanitla.
En 1560 San Mateo Mexicaltzingo quedó dentro de los «términos» como pueblo estancia de Calimaya, que era la cabecera donde gobernaba un tlatoani, lo que significaba que estaba organizado en tlaxilacalli o calpulli, que además tenía jefe local subordinado al jefe de cabecera y sus habitantes estaban obligados a pagar tributo y servicios a los funcionarios de ésta. En esa época residían 1,108 habitantes.
El 15 de noviembre de 1603, el virrey Marqués de Montes Claros dispuso que el pueblo de San Mateo Mexicaltzingo se congregara junto con los pueblos de Santa María Concepción, San Bartolomé, San Miguel Chapultepec y San Andrés Ocotlán en San Antonio Otompa, anteriormente Techialoyan. Orden que no se cumplió y se les dotó de solares suficientes para la manutención de los indios y se disponía que un religioso del convento de Calimaya administrara y diera doctrina a los indios.
En el siglo XVIII San Mateo Mexicaltzingo tuvo problemas por la posesión del terreno llamado «El Potrero», que fue reclamado en diferentes ocasiones por el pueblo de Chapultepec y la Condesa de Santiago Calimaya, que además era Marquesa de Salvatierra; no obstante, el 17 de octubre de 1719, se le dio a San Mateo Mexicaltzingo el título de propiedad de tal terreno.
El 29 de octubre de 1810, el ejército insurgente, al frente de Hidalgo y Allende, llega a Mexicaltzingo y a Chapultepec.
La tradición oral en esta comunidad dice que Vicente Guerrero, después de una azarosa travesía por el Valle de Toluca, pernoctó en la fiscalía de la parroquia de San Mateo, siendo perseguido por Agustín de Iturbide. Al llegar a Mexicaltzingo, Iturbide se enteró de lo sucedido, por lo que decidió colgar a los principales del pueblo por haber apoyado a Guerrero.
En 1820 «el alcalde y demás que comprenden el ayuntamiento y todos los vecinos del pueblo de San Mateo Mexicalcingo… decimos: que de tiempo inmemorial nuestro pueblo siempre fue una parroquia o curato de reverendos franciscanos y quitado el convento se puso al pueblo una vicaría de pie fijo…» Esto fue referido a las autoridades eclesiásticas del Arzobispado de México, después de varias diligencias determinó hasta el 28 de julio de 1823 que «estando calificadas las causas de necesidad y utilidad que resulta a los vecinos… erigimos en vicaría de pie fijo el referido pueblo de San Mateo Mexicalcingo la cual ha de comprender los pueblos de San Andrés Ocotlán, Concepción y Chapultepec».
El 15 de agosto de 1827, el gobernador Lorenzo de Zavala da posesión y adjudicación de El Llano de Mexicaltzingo a este pueblo, ejecutándose esta acción por el juez de Tenango, Lic. Agustín Azoños.
En 1869 el licenciado Mariano Riva Palacio, gobernador del Estado de México, firmó el 8 de octubre de ese año el decreto 140 en el que la Legislatura Local el día anterior aprobó que Mexicalcingo se convirtiera en municipio; los diputados que firmaron el decreto fueron: Manuel Alas, presidente; Manuel Borja y Pedro Navarro, secretarios. También Chapultepec se erige como municipio en el mismo decreto.
El 30 de octubre del mismo año, el jefe político de Tenango del Valle, Juan Gómez Guzmán, instaló a las autoridades municipales. En esa ocasión, el pueblo reunido escuchó un emotivo discurso del Lic. Prisciliano María Díaz González, abogado del pueblo; entre los asistentes estaba el vicario del pueblo, el señor Gil Tenorio, el presidente municipal de Calimaya, el señor Francisco Zetina y algunos integrantes del ayuntamiento de Calimaya y acompañantes del jefe político; posteriormente, las autoridades recién electas pasaron a la casa consistorial, que a partir de esa fecha fue palacio municipal, a tomar cargo del poder y los objetos que se encontraban, además de las comunidades y del Rancho San Cristóbal, propiedades del pueblo.
En 1891 El Llano es fraccionado en 385 lotes, puesto que el Lic. Benito Juárez en 1868 y el gobierno del Estado en 1891, habían declarado el terreno como ejido y según las leyes de la época, estos terrenos cedidos a los pueblos indígenas desde los tiempos de la Colonia, debían ser utilizados por los pobladores para evitar la enajenación, según lo establecido en las Leyes de Reforma, por medio de las compañías deslindadoras en beneficio de particulares.
El ayuntamiento pagaba la beca al alumno municipal para que asistiera al Instituto Literario de Toluca. En 1896 estaba becado Cristóbal Olmedo, el que posteriormente sería un profesor destacado, tanto en esta comunidad como en otras del Estado de México, entre otras actividades se dedicó a la investigación histórica.
Para propiciar el desarrollo del campo, se construyó el ferrocarril Toluca-Atlatlauhca, beneficiando a Mexicaltzingo, ya que le permitía transportar sus productos agrícolas y lácteos, para su venta a otros lugares de la comarca.
El pueblo de Mexicaltzingo no tuvo una participación significativa durante el proceso de la Revolución mexicana, la vida siguió su curso normal, excepto en la etapa de los zapatistas y carrancistas ya que fue asaltado constantemente por estas facciones. Sin embargo, no se puede dejar de lado la participación de algunas personas inconformes con la opresión y que lucharon por el cambio; algunos de ellos nunca regresaron, ni se supo nada. Se puede mencionar entre ellos a Agapito Sosa, Honorio Jiménez, Pascual Aldama, el mayor José Balula así como otros mexicaltzinguenses que dieron su sangre por lograr un México más justo.
Durante este periodo el Sr. Gabino A. Roldán era administrador de una hacienda en Cuernavaca, por lo que contrataba gente que fuera a trabajar en los ingenios de azúcar. En esos lugares conoció a Emiliano Zapata, quien tuvo contacto con la gente de Mexicaltzingo; Roldán apoyaba la causa que postulaba este rebelde suriano.
El problema sobre la posesión de El Llano seguía latente. En 1913 se firmó un convenio por 99 años para que la sociedad agrícola siguiera administrando las utilidades de El Llano y además pagara los respectivos impuestos al ayuntamiento.
Los ayuntamientos se sucedían en forma pacífica, suscitándose un incidente hasta 1914, año en que fue depuesto el presidente municipal electo y se nombró una Junta Municipal por orden de Francisco Murguía, el entonces gobernador y comandante político carrancista.
En los meses de mayo y junio de 1915, San Miguel Chapultepec invadió el Rancho San Cristóbal con el pretexto de que Zapata les ordenó tomar las tierras que les pertenecían. Pero el entonces gobernador interno Gustavo Baz ordenó se le devolviera a Mexicaltzingo sus tierras.
En 1920 a instancias de Gabino A. Roldán y Felipe Estrada, se hicieron las gestiones ante las autoridades agrarias logrando que los terrenos de labor del Rancho San Cristóbal se convirtieran en ejido, por lo que se fraccionó en 600 parcelas de un cuarto de hectárea cada una, beneficiando a un número igual de campesinos jefes de familia.
En la década de los cuarenta se inicia la construcción de la carretera que daría mayor comunicación a la población. A principios de la década de los cincuenta empiezan a aparecer en el municipio automóviles y aparatos eléctricos, principalmente la radio, puesto que ya se contaba con energía eléctrica.
Para apoyar la educación, el edificio de la escuela primaria, construido en 1922, fue reacondicionado en 1952, convirtiéndose en escuela mixta federal. Los pocos jóvenes que terminaban la primaria continuaban sus estudios superiores en Toluca. En 1966 se iniciaron las gestiones para construir un edificio más amplio para la primaria. Dicho proyecto fue aprobado por el gobierno del estado. El edificio se construyó en «El Potrero» y se inauguró en 1970.
Durante 1970-1972 se terminó de introducir el agua potable y el drenaje en la cabecera municipal, con la participación de toda la comunidad y la ayuda gubernamental. También se empezó la remodelación y acondicionamiento de la Plaza Hidalgo, junto con la ampliación del alumbrado público. De 1973 a 1975 se remodeló parte de la calle Independencia y se hizo la carretera Mexicaltzingo-Santiago-Tianguistenco.
Durante 1976 a 1978 se edificó el mercado 16 de septiembre, se terminó el edificio del jardín de niños, la telesecundaria y el pavimentado de las calles Independencia y Morelos. En el periodo 1979-1981 se creó la biblioteca municipal, el jardín de niños Nentambati, y se inició también la secundaria estatal, así como de su edificio.
De 1982 a 1984 se inauguró la nueva sección del palacio municipal, la terminación de la secundaria estatal, otro módulo de la telesecundaria, se iniciaron las labores del jardín de niños Teceltican, el acondicionamiento del alumbrado público con luz fluorescente y otras obras más.
Durante el periodo de gobierno municipal 1985-1987 se creó la escuela primaria estatal Axayácatl, se terminó la construcción del edificio del jardín de niños Teceltican, se estableció en el palacio municipal la biblioteca pública «Lorenzo Camacho Escamilla», se encementaron varias calles, se amplió la red de agua potable y drenaje, así como el alumbrado público.
En el periodo 1988-1990 se estableció la escuela preparatoria estatal, se remodeló el edificio de la ex-estación del ferrocarril y se instaló la casa de cultura. Se construyeron el jardín público Benito Juárez, un tecalli de vigilancia, los edificios del jardín de niños Nentambati y de la escuela primaria Axayácatl. Se dio mantenimiento a los edificios públicos y se amplio la cobertura de los servicios públicos de alumbrado, agua potable, drenaje y alcantarillado, además de pavimentar varias calles de la cabecera municipal.
Entre 1991 a 1993, se continuó con las obras públicas como la Guardería Infantil Conetzin, el encementado de calles y otras acciones más; sin embargo, por conflictos internos del ayuntamiento se depuso al presidente municipal, sustituyéndolo por el primer regidor.
Entre 1994 a 1996 la administración pública municipal se abocó a la solución de los problemas ecológicos y de salud, se instalaron trampas de grasa en los obradores de chicharrón, se puso en funcionamiento una presa de gavión para captar las aguas broncas del Nevado de Toluca, se abrió al público la Clínica Municipal, entre otras acciones.
